S přispěním dotace z Programu na podporu stavební obnovy a restaurování kulturních památek a památek místního významu Zlínského kraje ve výši 300 tisíc korun byly varhany uvedeny do funkčního stavu.

Varhanář Petr Stehlík se věnoval varhannímu nástroji, aby mu byla navrácen nejen jeho původní vzhled, ale hlavně dokonalá funkčnost a krásný zvuk. Navíc spolupracoval s restaurátorem Dušanem Rohlíkem, který se postaral o dřevěnou varhanní skříň. Celkové náklady na restaurování byly téměř dva miliony korun.

Varhany jsou movitou kulturní památkou, umístěnou v mařatickém kostele při jeho obnově v letech 1850 až 1858. Jejich autorem je zdounský varhanář Antonín Salinger a zdejší varhany jsou zřejmě poslední dochované z jeho dílny.

Podle donátorské desky umístěné na zdi kostela proběhla v roce 1933 díky rodině Stanclově rekonstrukce nástroje. Další technické prvky byly měněny v závěru 20. století.